水性油墨的优劣是关系到纸箱印刷颜色纯正、鲜亮的关键,因此在选用和使用时要十分注意。优质的水墨颜色鲜艳，手感细腻、粘稠、浓度适宜，加水或醇类溶剂稀释后无沉淀、结块现象，用木棒搅拌无泡沫产生，与其他油墨混合配色，亲和力好，无不相溶现象，所配出的墨色纯正，无异常反应。反之，不可使用。
    水性油墨的连结料是树脂和水在表面活性剂的作用下，形成的油水混溶体系，该体系的稳定性较差。印刷时最好批量一次印完，否则会因氧化光分解等影响水墨质量，使印品出现色差。不能一次用完的油墨，要注意避光密封保存，再次使用时，要注意过滤，以清除结皮等异物。

     
    此外，水性油墨在使用时常常出现不易渗透，干燥速度慢，印刷时连续作业，印品重盛堆放，箱面出现擦痕、叠印重影问题。要解决这类问题，油墨要用容易挥发的乙醇代替水进行稀释，以利于油墨的干燥。印刷压力适当减小，并适当减小印速，以不超过600r/min为宜。有条件的企业在印刷机堆码前可加装排风扇或通热风千燥箱面墨迹
    对于飞墨、糊版等故障，可调整油墨的粘度和输墨量大小。油墨粘度太大时，容易使油墨在滚动过程中出现拉丝过长的情况，而使墨滴颗粒飞溅，污染印品。可在油墨中加入去粘剂或高沸点油，以减小其粘性。油墨过稀、过稠、输墨量大则易出现糊版问题，可用调墨油调整其粘性，减小输墨量，要注意调墨时控制好干燥剂及防粘剂的用量。
    由于水性油墨代替了传统油墨，解决了油墨中含有的挥发性溶剂的问题，所以在印刷过程中对工人的健康无任何影响，对空气也没有污染，还消除了工作场所易燃易爆的隐患，提高了安全性，深受大多数包装印刷厂家的喜爱；而且，相比较之下，水性油墨的使用成本比溶剂型油墨的使用成本大约节省了30%左右。所以无论从哪个方面看水性油墨已经在全球范围内深受包装印刷行业的喜爱和亲睐。